Σύντομη περιγραφή της εξέτασης: Διπλή αντίδραση PCR για ανίχνευση IS6110 θετικών και αρνητικών στελεχών του M. tuberculosis complex [ανθρώπινος τύπος, βόειος τύπος, εμβολιακό στέλεχος (BCG), Μ. tuberculosis subsp. capri, και ανθρώπινα στελέχη Αφρικής και Ασίας (M. africanum, M. cansasii)].

Είδος δείγματος που μπορεί να χρησιμοποιηθεί: Υλικά που φέρουν το μυκοβακτήριο αναλόγως κλινικής εικόνας, π.χ. ολικό αίμα (σηψαιμικός ασθενής), ούρο (ουρολοίμωξη), αρθρικό υγρό (αρθρίτιδα), πλευρικό υγρό (πλευρίτιδα), πτύελο ή BAL (πνευμονία), νωπό ή μονιμοποιημένο σε παραφίνη βιοπτικό υλικό, κτλ.

Σχόλιο: Η εξέτασηεφαρμόζεται στο πλαίσιο της διαγνωστικής διερεύνησης περιστατικών φυματίωσης. Περαιτέρω διαγνωστική διερεύνηση είναι εφικτή μέσω πιο εξειδικευμένων μοριακών εξετάσεων ανίχνευσης μυκοβακτηρίων, μικροβιολογικής απομόνωσης μυκοβακτηρίων, μοριακής τυποποίησης μυκοβακτηρίων.

Επικοινωνία: Οικονομόπουλος Ιωάννης, 210 5294382, ikonomop@aua.gr

Σύντομη περιγραφή της εξέτασης: Διαγνωστικός αλγόριθμος με 4 αντιδράσεις PCR που επιτρέπει τη διάκριση όλων των μελών του M. tuberculosis complex, κυρίως για τη διάκριση του ανθρώπινου, του βόειου και του εμβολιακού τύπου.

Είδος δείγματος που μπορεί να χρησιμοποιηθεί: Υλικά που φέρουν το μυκοβακτήριο αναλόγως κλινικής εικόνας, π.χ. ολικό αίμα (σηψαιμικός ασθενής), ούρο (ουρολοίμωξη), αρθρικό υγρό (αρθρίτιδα), πλευρικό υγρό (πλευρίτιδα), πτύελο ή BAL (πνευμονία), νωπό ή μονιμοποιημένο σε παραφίνη βιοπτικό υλικό, κτλ.

Σχόλιο: Η εξέταση αυτή συστήνεται στη διάγνωση περιστατικών φυματίωσης αλλά και για σαρκοειδικούς ασθενείς με μικρή ανταπόκριση στη θεραπεία. Στην τελαυταία περίπτωση χρησιμοποιείται συνήθως δείγμα πτυέλων ή καλύτερα BAL. Περαιτέρω διαγνωστική διερεύνηση είναι εφικτή μέσω πιο εξειδικευμένων μοριακών εξετάσεων ανίχνευσης άτυπων μυκοβακτηρίων, μικροβιολογικής απομόνωσης μυκοβακτηρίων, μοριακής τυποποίησης μυκοβακτηρίων.

Επικοινωνία: Οικονομόπουλος Ιωάννης, 210 5294382, ikonomop@aua.gr

Σύντομη περιγραφή της εξέτασης: Διαγνωστικός αλγόριθμος που επιτρέπει την ανίχνευση και ταυτοποίηση άτυπων μυκοβατηρίων [Μ. avium subsp avium (ορνίθειος τύπος), Μ. aviumsubsp paratuberculosis (one-tube nested PCR, κατοχυρωμένη πατέντα), (μυκοβακτήριο της παραφυματίωσης)].

Είδος δείγματος που μπορεί να χρησιμοποιηθεί: Υλικά που φέρουν το μυκοβακτήριο αναλόγως κλινικής εικόνας, π.χ. ολικό αίμα (σηψαιμικός ασθενής), ούρο (ουρολοίμωξη), αρθρικό υγρό (αρθρίτιδα), πλευρικό υγρό (πλευρίτιδα), πτύελο ή BAL (πνευμονία), νωπό ή μονιμοποιημένο σε παραφίνη βιοπτικό υλικό, κτλ.

Επικοινωνία: Οικονομόπουλος Ιωάννης, 210 5294382, ikonomop@aua.gr

Σύντομη περιγραφή της εξέτασης: Καλλιέργεια σε εκλεκτικά θρεπτικά υλικά για την απομόνωση μυκοβακτηρίων.

Είδος δείγματος που μπορεί να χρησιμοποιηθεί: Υλικά που φέρουν το μυκοβακτήριο αναλόγως κλινικής εικόνας, π.χ. ολικό αίμα (σηψαιμικός ασθενής), ούρο (ουρολοίμωξη), αρθρικό υγρό (αρθρίτιδα), πλευρικό υγρό (πλευρίτιδα), πτύελο ή BAL (πνευμονία), κτλ.

Σχόλιο: Περαιτέρω διαγνωστική διερεύνηση είναι εφικτή μέσω μοριακής τυποποίησης μυκοβακτηρίων. Δεδομένου ότι η μικροβιολογική απομόνωση του μυκοβακτηρίου είναι ιδιαίτερα χρονοβόρα, είναι σκόπιμο να εκτιμηθεί η δυνατότητα χρήσης μοριακής ανίχνευσης μυκοβακτηρίων των οποίων το αποτέλεσμα απαιτεί μόλις 5-7 εργάσιμες ημέρες.

Επικοινωνία: Οικονομόπουλος Ιωάννης, 210 5294382, ikonomop@aua.gr

Σύντομη περιγραφή της εξέτασης: Εφαρμόζεται PCR για μία ιδιαίτερα διατηρημένη περιοχή του γονιδίου που κωδικοποιεί τη σύνθεση της πρωτεΐνης θερμικού shock 65 (hsp65) της Brucella spp.Το θετικό προϊόν χρησιμοποιείται σε διαγνωστικό αλγόριθμο με πέντε ζεύγη ολιγονουκλεοτιδίων εκκινητών που ανιχνεύουν και ταυτοποιούν τα ακόλουθα είδη:

Βrucella melitensis biovars 1-3

Brucella abortus biovars 1-9

Brucella suis biovar 1-5

Brucella ovis

Brucella canis

Είδος δείγματος που μπορεί να χρησιμοποιηθεί: Υλικά που φέρουν το βακτήριο αναλόγως κλινικής εικόνας, π.χ. ολικό αίμα (σηψαιμικός ασθενής), σπέρμα, προστατικό υγρό, κολπικό ή τραχηλικό υγρό, υγρό εμμηνορροϊκής ρήσης, νωπό ή μονιμοποιημένο σε παραφίνη βιοπτικό υλικό, κτλ.

Σχόλιο: Η εξέταση εφαρμόζεται στο πλαίσιο της διαγνωστικής διερεύνησης περιστατικών μελιταίου πυρετού (βρουκέλλωση). Περαιτέρω διαγνωστική διερεύνηση είναι εφικτή με την καλλιέργεια κλινικών υλικών για την απομόνωση του βακτηρίου.

Επικοινωνία: Οικονομόπουλος Ιωάννης, 210 5294382, ikonomop@aua.gr

Σύντομη περιγραφή της εξέτασης: Το κλινικό υλικό ενοφθαλμίζεται σε εκλεκτικά θρεπτικά υλικά και επωάζεται υπό αερόβιες και μικροαερόφιλες συνθήκες. Από το προϊόν ανάπτυξης παρασκευάζεται επίχρισμα που χρωματίζεται με την χρώση Gram και στην συνέχεια εφαρμόζεται PCR για την ταυτοποίηση του βακτηρίου (link στην σελίδα Α12).

Είδος δείγματος που μπορεί να χρησιμοποιηθεί: Υλικά που φέρουν το βακτήριο αναλόγως κλινικής εικόνας, π.χ. ολικό αίμα (σηψαιμικός ασθενής), σπέρμα, βιοπτικά υλικά μονιμοποιημένα σε παραφίνη, προστατικό υγρό, κολπικό ή τραχηλικό υγρό, υγρό εμμηνορροϊκής ρήσης, νωπό βιοπτικό υλικό, κτλ.

Σχόλιο: Η εξέταση εφαρμόζεται στο πλαίσιο της διαγνωστικής διερεύνησης περιστατικών μελιταίου πυρετού (βρουκέλλωσης).

Επικοινωνία: Οικονομόπουλος Ιωάννης, 210 5294382, ikonomop@aua.gr

Σύντομη περιγραφή της εξέτασης: Εφαρμόζεται διαγνωστικός αλγόριθμος PCR για μία ιδιαίτερα διατηρημένη περιοχή του γονιδίου Β1 του Toxoplasmagondii.

Είδος δείγματος που μπορεί να χρησιμοποιηθεί: Υλικά που φέρουν το πρωτόζωο αναλόγως κλινικής εικόνας, π.χ. ολικό αίμα (σηψαιμικός ασθενής), σπέρμα, προστατικό υγρό, κολπικό ή τραχηλικό υγρό, υγρό εμμηνορροϊκής ρήσης (λοιμώξεις του γεννητικού), εγκεφαλονωτιαίο υγρό (εγκεφαλίτιδα), νωπό ή μονιμοποιημένο σε παραφίνη βιοπτικό υλικό, κτλ.

Σχόλιο: Η εξέταση εφαρμόζεται συνήθως στο πλαίσιο της διαγνωστικής διερεύνησης περιστατικών λομώξεων του εγκεφάλου, λοιμώξεων του γεννητικού συστήματος και στον προγεννητικό έλεγχο ιδίως σε περιπτώσεις εξωσωματικής γονιμοποίησης.

Επικοινωνία: Οικονομόπουλος Ιωάννης, 210 5294382, ikonomop@aua.gr

Σύντομη περιγραφή της εξέτασης: Εφαρμόζεται μία μέθοδος ένθετης PCR ενός φιαλιδίου (one-tube nested PCR) για μία ιδιαίτερα διατηρημένη περιοχή του γενετικού υλικού του πρωτόζωου (minicircle kinetoplast) που διασφαλίζει την ανίχνευση των Leishmania infantum, Leishmania donovani, και Leishmania chagasii.

Είδος δείγματος που μπορεί να χρησιμοποιηθεί: Υλικά που φέρουν το πρωτόζωο αναλόγως κλινικής εικόνας, π.χ. ολικό αίμα (σηψαιμικός ασθενής), νωπό ή μονιμοποιημένο σε παραφίνη βιοπτικό υλικό, μυελός των οστών (φέρει το πρωτόζωο σε μεγαλύτερη συγκέντρωση και για μεγαλύτερο χρονικό διάστημα πριν την εμφάνιση των κλινικών συμπτωμάτων), κτλ.

Σχόλιο: Η εξέταση εφαρμόζεται συνήθως στο πλαίσιο της διαγνωστικής διερεύνησης περιστατικών σπλαχνικής ή σπανιότερα δερματικής λεϊσμανίασης. Περαιτέρω διαγνωστική διερεύνηση μπορεί να γίνει με την εφαρμογή PCR αληθούς χρόνου (real time PCR) για την ποσοτικοποιημένη ανίχνευση της λεϊσμάνιας σε ένα δείγμα.

Επικοινωνία: Οικονομόπουλος Ιωάννης, 210 5294382, ikonomop@aua.gr

Σύντομη περιγραφή της εξέτασης: Εφαρμόζεται μία μέθοδος PCR αληθούς χρόνου (Real Time PCR) στη διάταξη Light Cycler 6, με στόχο μία ιδιαίτερα διατηρημένη περιοχή του γενετικού υλικού του πρωτόζωου (minicircle kinetoplast) που διασφαλίζει την ανίχνευση των Leishmaniainfantum, Leishmaniadonovani, και Leishmaniachagasii.

Είδος δείγματος που μπορεί να χρησιμοποιηθεί: Υλικά που φέρουν το πρωτόζωο αναλόγως κλινικής εικόνας, π.χ. ολικό αίμα (σηψαιμικός ασθενής), νωπό ή μονιμοποιημένο σε παραφίνη βιοπτικό υλικό, μυελός των οστών (φέρει το πρωτόζωο σε μεγαλύτερη συγκέντρωση και για μεγαλύτερο χρονικό διάστημα πριν την εμφάνιση των κλινικών συμπτωμάτων), κτλ.

Σχόλιο: Η εξέταση εφαρμόζεται συνήθως στο πλαίσιο της διαγνωστικής διερεύνησης περιστατικών σπλαχνικής ή σπανιότερα δερματικής λεϊσμανίασης. Η εξέταση επιτρέπει μέσω της ποσοτικοποιημένης ανίχνευσης του πρωτόζωου την εκτίμηση της πορείας της θεραπείας (αύξηση ή μείωση του παρασιτικού φορτίου). Για να είναι οι μετρήσεις μεταβολής του παρασιτικού φορτίου πιο αξιόπιστες είναι σκόπιμο να αφορούν περισσότερες της μίας δειγματοληψίες.

Επικοινωνία: Οικονομόπουλος Ιωάννης, 210 5294382, ikonomop@aua.gr

Σύντομη περιγραφή της εξέτασης: Εφαρμόζεται PCR με ένα ζεύγος εκκινητών που ενισχύουν εκλεκτικά, περιοχής του γενώματος της Babesiaspp. (περιοχή 18S rRNA).

Είδος δείγματος που μπορεί να χρησιμοποιηθεί: Υλικά που φέρουν το πρωτόζωο αναλόγως κλινικής εικόνας, π.χ. ολικό αίμα (σηψαιμικό ζώο), νωπό ή μονιμοποιημένο σε παραφίνη βιοπτικό υλικό, κτλ.

Σχόλιο: Η εξέταση εφαρμόζεται συνήθως στο πλαίσιο της διαγνωστικής διερεύνησης της μπαμπεζίωσης στα ζώα. Η μέθοδος που χρησιμοποιείται επιτρέπει την ανίχνευση από κοινού όλων των ειδών του πρωτόζωου που προσβάλλουν τα ζώα και για τον λόγο αυτό μπορεί να εφαρμοστεί για την μπαμπεζίωση του αλόγου, του σκύλου, του προβάτου, κτλ. Περαιτέρω διαγνωστική διερεύνηση και ταυτοποίηση σε επίπεδο είδους, είναι εφικτή με χαρτογράφηση του προϊόντος ενίσχυσης της συγκεκριμένης αντίδρασης PCR (link στην σελίδα Γ5).

Επικοινωνία: Οικονομόπουλος Ιωάννης, 210 5294382, ikonomop@aua.gr