Ο Ιωάννης Αρσενάκης αποφοίτησε από τη Σχολή Κτηνιατρικής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης το 2010. Στη συνέχεια έλαβε υποτροφία για να συνεχίσει τις σπουδές του στη Royal (Dick) School of Veterinary Studies του Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου και ολοκλήρωσε με Διάκριση το Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών (M.Sc.) στις Βιοεπιστήμες των Ζώων το 2012. Κατόπιν εργάστηκε ως κτηνίατρος χοίρων και πουλερικών στη Δημοκρατία της Ιρλανδίας για ένα από τα μεγαλύτερα κτηνιατρικά ιατρεία παραγωγικών ζώων στην Ευρώπη, έως τον Απρίλιο του 2013. Από τον Αύγουστο του 2013 και έως τον Οκτώβριο του 2018 συνέχισε να εργάζεται ως κτηνίατρος χοίρων στη Μονάδα Διαχείρισης Υγείας Χοίρων (Unit of Porcine Health Management) της Σχολής Κτηνιατρικής του Πανεπιστημίου της Γάνδης (Βέλγιο). Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, και ενώ εργαζόταν στην ίδια Μονάδα, ολοκλήρωσε επίσης τις διδακτορικές του σπουδές, οι οποίες επικεντρώθηκαν στα διαφορετικά πρωτόκολλα εμβολιασμού με βακτηρίνες ως μέσο ελέγχου των λοιμώξεων από Mycoplasma hyopneumoniae σε χοίρους στην περίοδο του απογαλακτισμού και της πάχυνσης. Από τον Ιούλιο του 2018 έως το 2021 εργάστηκε ως κτηνίατρος χοίρων στην εταιρεία «Tulip Ltd.-Pilgrims UK». Ήταν υπεύθυνος για περισσότερες από 32 εκτροφές, καθώς και για την πειραματική εκτροφή της εταιρείας (FBF Facons), η οποία αποτελεί μία από τις σημαντικότερες πειραματικές μονάδες χοιροτροφίας στο Ηνωμένο Βασίλειο. Παράλληλα, ήταν ένας από τους κτηνιάτρους που είχαν την ευθύνη του σχεδιασμού και της εφαρμογής των Προγραμμάτων Διαχείρισης Υγείας για το χοιροτροφικό ζωικό κεφάλαιο της εταιρείας.

Έχει 14 δημοσιευμένες εργασίες σε διεθνή, έγκριτα περιοδικά με κριτές, εκ των οποίων στις 6 από τις 14 είναι πρώτος συγγραφέας. Επίσης, έχει 22 δημοσιευμένες περιλήψεις σε διεθνή συνέδρια με σύστημα κριτών, εκ των οποίων στις 14 από τις 22 είναι πρώτος συγγραφέας. Συνολικά, έχει συμμετάσχει σε 16 ερευνητικά προγράμματα που χρηματοδοτήθηκαν από διάφορες εταιρείες, ευρωπαϊκές κοινοπραξίες και τη Φλαμανδική Ένωση Χοιροτρόφων.
Το ερευνητικό του έργο εστιάζει στη μεταφραστική/εφαρμοσμένη έρευνα με στόχο τη βελτίωση της υγείας, της παραγωγικότητας και της ευζωίας των χοίρων, με έμφαση στη μεταφραστική φυσιολογία. Έχει διεξαγάγει έρευνα για τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας των εμβολίων έναντι του Mycoplasma hyopneumoniae, το οποίο αποτελεί τον κύριο αιτιολογικό παράγοντα της ενζωοτικής πνευμονίας στους χοίρους. Στο πλαίσιο αυτό, μελέτησε τον ρόλο των Τ-λεμφοκυττάρων στην εξέλιξη της αναπνευστικής νόσου στους χοίρους, καθώς και τις διαφορές στις ανοσολογικές και προφλεγμονώδεις αποκρίσεις που ανιχνεύονται μεταξύ εμβολιασμένων και μη εμβολιασμένων χοίρων σε εκτροφές ενδημικά μολυσμένες με Mycoplasma hyopneumoniae.
Έχει επίσης μελετήσει τη χρήση αυτόχθονων (αυτογενών) εμβολίων σε χοιρομητέρες για τον έλεγχο της εξιδρωματικής επιδερμίτιδας στους απογόνους τους κατά το στάδιο του θαλάμου εκτροφής (nursery), καθώς και τη γονιμότητα των κάπρων σε σχέση με τις παραμέτρους ποιότητας σφαγίου που δύνανται να μεταβιβαστούν στους απογόνους. Παράλληλα, έχει πραγματοποιήσει μελέτες σχετικά με τη χρήση διαφορετικών προσθετικών ζωοτροφών και την επίδρασή τους στην υγεία και την παραγωγικότητα των παχυνόμενων χοίρων, καθώς και τη χορήγηση διαφορετικών επιπέδων σιδήρου (θειικός σίδηρος) μέσω της ζωοτροφής για την πρόληψη της σιδηροπενικής αναιμίας. Επιπλέον, έχει μελετήσει τον εμπλουτισμό των σιτηρεσίων των χοίρων με το ένζυμο β-μαννανάση για τη βελτίωση του μεταβολισμού του αραβοσίτου σε παχυνόμενους χοίρους. Τέλος, έχει διενεργήσει χιλιάδες αξιολογήσεις ευζωίας σε χοιροτροφικές εκμεταλλεύσεις, στο πλαίσιο επίσημων επιθεωρήσεων για χοιρομητέρες και παχυνόμενους χοίρους, στο πλαίσιο συστημάτων διασφάλισης ποιότητας εκτροφών για την πιστοποίηση χοιρινού κρέατος που πληροί τα υψηλότερα πρότυπα ευζωίας.

Papakonstantinou, G., Arsenakis, I., Pourlis, A., & Papatsiros, V. (2023). Animal Health and Productivity of Organic Greek Pig Farms: the current situation and prospects for sustainability. Animals 13 (18), 2834

Arsenakis, I., Boyen, F., Haesebrouck, F., & Maes, D. (2018). Autogenous vaccination reduces antimicrobial usage and mortality rates in a herd facing severe exudative epidermitis outbreaks in weaned pigs. Veterinary Record doi: 10.1136/vr.104720

Arsenakis, I., Michiels, A., Schagemann, G., Gomez-Duran, C. O., Boyen, F., Haesebrouck, F. & Maes, D. (2018). Effects of pre-farrowing sow vaccination against M. hyopneumoniae on offspring colonization and lung lesions. Veterinary Record doi: 10.1136/vr.104972

Michiels, A., Arsenakis, I., Matthijs, A., Boyen, F., Haesaert, G., Audenaert, K., Eeckhout, M., Croubels, S., Haesebrouck, F. & Maes, D. (2018). Clinical impact of deoxynivalenol, 3- acetyl- deoxynivalenol and 15-acetyl-deoxynivalenol on the severity of an experimental Mycoplasma hyopneumoniae infection in pigs. BMC Veterinary Research 14, 190

López Rodrıǵuez, A., Van Soom, A., Arsenakis, I. & Maes, D. (2017). Boar management and semen handling factors affect the quality of boar extended semen. Porcine Health Management 3, 15