Ο ιδρυτικός νόμος της Ανωτάτης Γεωπονικής Σχολής Αθηνών (1844/1920) προέβλεπε μία τακτική Έδρα Γενικής & Ειδικής Ζωοτεχνίας & Γαλακτοκομίας (Καθηγητής Ιωάννης Δημακόπουλος, 1921-1965) και μία τακτική Έδρα Ανατομίας & Φυσιολογίας Αγροτικών ζώων, Υγιεινής & Στοιχείων Κτηνιατρικής (Καθηγητής Χρήστος Πασιόκας, 1921 – 1958), που σύμφωνα με τα Γαλλικά και Γερμανικά ακαδημαϊκά πρότυπα της εποχής εκείνης, περιλάμβανε στο διδακτικό και ερευνητικό της έργο την Μενδελική Γενετική, τη Γαλακτοκομία, τη Βρωματολογία (Διατροφή Ζώων), την Ανατομία και τη Φυσιολογία Ζώων.

Από το 1949 και μετά, οι σπουδές στην Α.Γ.Σ.Α. διαχωρίστηκαν σε “Ειδικότητες”, γεγονός που σηματοδότησε τη δημιουργία του Τμήματος Ζωοτεχνίας. Οι συνθήκες της εποχής που ακολούθησε (δυνατότητα πρόσβασης στην ξένη βιβλιογραφία, ανάπτυξη της συστηματικής πτηνοτροφίας και της βιομηχανίας συνθέτων ζωοτροφών) δημιούργησαν την ανάγκη σοβαρών αλλαγών στη διδασκαλία και την έρευνα, κάνοντας αναγκαίο το διαχωρισμό των αντικειμένων που θεράπευε το Τμήμα. Έτσι, το 1960, μετά από τη συγχώνευση της Έδρας Ανατομίας & Φυσιολογίας Αγροτικών ζώων, Υγιεινής & Στοιχείων Κτηνιατρικής και της Έδρας Μικροβιολογίας, ιδρύθηκε η Έδρα Ανατομίας και Φυσιολογίας Aγροτικών Ζώων (Καθηγητής Κ. Μελανίδης, 1958 – 1965).

Ακολούθως, το 1964 διαχωρίστηκε η Διατροφή από τη Ζωοτεχνία και ιδρύθηκε η αυτοτελής τακτική Έδρα και Εργαστήριο Διατροφής των Ζώων (Καθηγητής Π. Καλαϊσάκης, 1964-1986). Το 1977, το Τμήμα συμπεριέλαβε στα διδακτικά και ερευνητικά του αντικείμενα τις υδατοκαλλιέργειες, και ιδρύθηκε το Εργαστήριο Εφηρμοσμένης Υδροβιολογίας από τον Καθηγητή κ. Σωφρόνιο Ε. Παπουτσόγλου. Την ταχεία ανάπτυξη και τις εργασίες του Τμήματος διευκόλυνε η εγκατάστασή του (1980) στο νεότευκτο τότε κτίριο “Ι. ΔΗΜΑΚΟΠΟΥΛΟΥ”.

Το 1982, το Τμήμα μετονομάστηκε σε Τμήμα Ζωικής Παραγωγής. Το 2012, πήρε την ονομασία Τμήμα Ζωικής Παραγωγής & Υδατοκαλλιεργειών και αποτελούσε ένα από τα τρία βασικά Τμήματα (μαζί με το Τμήμα Φυτικής Παραγωγής και το Τμήμα Αξιοποίησης Φυσικών Πόρων & Γεωργικής Μηχανικής) της Σχολής Αγροτικής Παραγωγής Υποδομών & Περιβάλλοντος.

Από το 2019, το Τμήμα φέρει τον τίτλο «Τμήμα Επιστήμης Ζωικής Παραγωγής» και μαζί με το υπό ίδρυση Τμήμα Υδροβιολογίας και Υδατοκαλλιεργειών αποτελούν τη Σχολή Επιστημών των Ζώων, η οποία είναι μία από τις 6 Σχολές του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών. Το τμήμα αποτελείται από 4 Εργαστήρια: Ανατομίας & Φυσιολογίας Αγροτικών Ζώων, Γενικής & Ειδικής Ζωοτεχνίας, Εφαρμοσμένης Υδροβιολογίας και Φυσιολογίας Θρέψεως & Διατροφής.