Το Εργαστήριο της Εφηρμοσμένης Υδροβιολογίας ιδρύθηκε το 1977 από τον Καθηγητή κ. Σωφρόνιο Ε. Παπουτσόγλου. Κατά τη διάρκεια της λειτουργίας του, υπήρξε η δυνατότητα συνεχούς βελτίωσης, εκσυγχρονισμού και επέκτασης τόσο των εγκαταστάσεων όσο και του εξοπλισμού του (συνολική έκταση περίπου 900 m²), ώστε σήμερα, να αποτελεί ένα από τα αρτιότερα εξοπλισμένα Εργαστήρια του είδους του στην Ευρώπη. Το εργαστήριο Εφηρμοσμένης Υδροβιολογίας είναι μέλος του ευρωπαϊκού πανεπιστημίου για την Ευφυή Αειφόρο Διαχείριση της Αστικής Παράκτιας Ζώνης EU-CONEXUS, ένα από τα πρώτα 17 Ευρωπαϊκά Υπερ-Πανεπιστήμια που χρηματοδοτούνται από την Ευρωπαϊκή Ένωση.

Στόχος του Εργαστηρίου είναι η παραγωγή επιστημονικής γνώσης μέσω της έρευνας, η διδασκαλία των γνωστικών πεδίων της υδροβιολογίας σε προπτυχιακό και μεταπτυχιακό επίπεδο, και η εφαρμογή των γνώσεων και μεταφορά τεχνολογίας στην πράξη σε κάθε επίπεδο. Κύρια κατεύθυνση του Εργαστηρίου είναι η επαρκής εκπαίδευση φοιτητών και νέων επιστημόνων σε θέματα εκτροφής υδρόβιων οργανισμών (ιχθύες, δίθυρα μαλάκια, δεκάποδα καρκινοειδή), καθώς και μαζικής παραγωγής φυτοπλαγκτονικών και ζωοπλαγκτονικών οργανισμών, αλλά και η βασική και εφαρμοσμένη έρευνα σε θέματα Εφηρμοσμένης Υδροβιολογίας, με απώτερο στόχο την αποτελεσματικότερη και ορθολογιστικότερη αξιοποίηση του υδάτινου περιβάλλοντος, συνδυάζοντας ορθή εφαρμογή των τρόπων παραγωγής υδρόβιων οργανισμών, προστασία του περιβάλλοντος και σεβασμό στην ευζωία των εκτρεφόμενων ειδών. Έτσι, οι απόφοιτοι, μπορούν να παρέχουν υποστήριξη σε θέματα βελτίωσης των παραγωγικών χαρακτηριστικών των ιχθύων σε συνθήκες εντατικής εκτροφής, βελτίωσης των συστημάτων παραγωγής, ελέγχου νοθείας και αυθεντικότητας αλιευμάτων σε ελληνικές θάλασσες, αλιευτικής διαχείρισης αποθεμάτων και αειφορικής διαχείρισης του υδάτινου περιβάλλοντος.